Le 10 mars 1899, Pershing fut chargé d'une nouvelle division créée par le département de la Guerre et qui a pour but de gérer les nouvelles possessions insulaires que sont Cuba, Porto Rico, les Philippines et Guam.

Le 17 août 1899, Pershing fut envoyé à Manille (Philippines) pour pacifier les îles de Mindanao et Jolo.

Ces régions, historiquement colonies espagnoles, n'avaient jamais pu être pacifiées par les Européens qui avaient toujours été confrontés aux guerriers Moro.

Après que les troupes américaines eurent chassé les Espagnols, les Moro continuèrent les combats contre leurs « libérateurs ».