La Seconde Guerre mondiale permet au chanoine Kir d'exercer des responsabilités publiques.

Le 16 juin 1940, alors que le maire de Dijon a quitté la ville, il est nommé membre de la délégation municipale de Dijon.

Il fait évader des milliers de prisonniers de guerre français du camp de Longvic.

Cette activité lui vaut d'être arrêté par les Allemands d'octobre à décembre 1940, puis relâché ; mais il perd alors ses fonctions municipales.

Il est à nouveau arrêté, deux jours, en 1943.

Son attitude patriote lui attire l'hostilité des collaborateurs.

Le 26 janvier 1944, il est victime à son domicile d'un attentat perpétré non par la Milice, mais par des Français à la solde des Occupants.

Blessé de plusieurs balles, il se soustrait aux recherches de la Gestapo en quittant Dijon, où il revient le 11 septembre 1944, jour de la Libération.

Il est nommé chevalier de la Légion d'honneur en 1946 et cité à l'ordre de l'armée.