C'est à cette époque que Bernard rédige ses premières œuvres, des traités et homélies, et surtout une Apologie, écrite sur la demande de Guillaume de Saint-Thierry, qui défend les bénédictins blancs (cisterciens) contre les bénédictins noirs (clunisiens).

Pierre le Vénérable, abbé de Cluny, lui répond amicalement, et malgré leurs différends idéologiques, les deux hommes se lient d'amitié.

Il envoie également de nombreuses lettres pour inciter à la réforme le reste du clergé, en particulier les évêques.

Sa lettre à l'archevêque de Sens, Henri de Boisrogues, surnommée par la suite De Officiis Episcoporum (Sur la conduite des évêques) est révélatrice du rôle important joué par les moines au XIIe siècle, et des tensions entre clergé régulier et séculier.